उत्तराखंड में 16 जून 2013 को आई भीषण बाढ़ ने पूरे इलाके में तबाही मज़ा दी थी। बाढ़ ने हर स्थान को प्रभावित किया था, जिसमें अधिक ऊंचाई वाले स्थान भी शामिल हैं। चौराबाड़ी ग्लेशियर के पास वाली झील के टूटने से केदारनाथ में बाढ़ के कारण काफी नुकसान हुआ।

पानी, रेत, चट्टान और कीचड़ के सैलाब के बावजूद, मंदिर चमत्कारिक रूप से बच गया जब एक विशाल चट्टान उसके पीछे आ कर रुक गई।

जब चट्टान मंदिर के पीछे आ कर रुक गई तो तेज बाढ़ का पानी दो भागों में बंट गया और चट्टान के सहारे मंदिर में नहीं गया। उस समय करीब 300-500 लोगों ने मंदिर में शरण ली थी। जब उन्होंने चट्टान को मंदिर की ओर जाते देखा, तो लोग भयभीत हो गए, जिससे वे भोले बाबा या केदार बाबा के नाम का जाप करने लगे। हालाँकि, बाबा के चमत्कार ने मंदिर और अंदर के लोगों दोनों को बचा लिया। नौ साल पहले हुई घटना के बावजूद, शिला, जिसे अब "भीम शिला" के नाम से जाना जाता है, कई लोगों का कहना है कि सबसे पहले इस मंदिर को पांडवों ने बनवाया था यहां भीम ने भगवान शंकर का पीछा किया था। कुछ का कहना है कि इस बड़े से पत्थर को देखकर यही लगा जैसे भीम ने अपनी गदा को गाड़कर महादेव के मंदिर को बचा लिया, यही वजह है कि लोग इसे भीम शिला कहते हैं। अभी भी यह शिला आदि गुरु शंकराचार्य की समाधि के पास केदारनाथ मंदिर के पीछे बनी हुई है और लोग इसकी पूजा करते हैं।

केदारनाथ धाम ज्योतिर्लिंग मंदिर को बाढ़ के दौरान चट्टान द्वारा सुरक्षित किया गया था जो लोगों, साधुओं और सभी के लिए एक रहस्य बना हुआ है। पत्थर की चौड़ाई और यह मंदिर के पीछे कुछ दूरी पर कैसे रुका यह अभी भी अज्ञात है। कुछ लोगों का मानना ​​है कि यह भोलेनाथ या गुरु शंकराचार्य का चमत्कार था, जिनकी समाधि मंदिर के पीछे स्थित है, जबकि अन्य अनुमान लगाते हैं कि यह महज एक संयोग हो सकता है।​